El CCT ha liderado más de 300 consultorías e investigaciones para instituciones del Estado, instituciones privadas y organizaciones de cooperación internacional. Los temas de trabajo son:
- Capacidad y uso del suelo
- Clasificación de zonas de vida
- Estudios de impacto ambiental
- Desarrollo rural
- Manejo forestal
- Planes de manejo de áreas protegidas
- Planes reguladores
- Fijación de carbono y cambio climático
- Certificación forestal
- Manejo de cuencas hidrográficas
- Diagnósticos arqueológicos
- Levantamientos cartográficos
- Inventarios forestales y biológicos
- Prevención de desastres
- Políticas y economía ambiental
- Educación ambiental
- Gestión de ecoturismo
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