El Centro Científico Tropical (CCT) fue fundado en 1962 por el Dr. Leslie Holdridge, Dr. Joseph Tosi, Dr. Robert Hunter, Dr. Charles Lankester, Frank Jirik, Dr. Fernando Castañeda y Wesly Kerper, constituyendo la primera ONG en Costa Rica dedicada al conocimiento sobre la biodiversidad del trópico y el uso racional de los recursos naturales.

Entre 1964 y 1972, otros destacados pioneros en biología y conservación de los recursos naturales en el país, se fueron asociando al CCT como: Alexander Skutch, Rafael Lucas, Luís Fournier, George Powell, Roberth Wilson, entre otros. Hoy día, esta institución está integrada por 50 asociados, todos ellos reconocidos científicos y profesionales de diferentes disciplinas.

El CCT, en sus primeros 10 años de trayectoria profesional y con una membresía científica y de ideología conservacionista, se configuró en un foro científico y técnico sobre los problemas que por entonces afectaban la estabilidad ecológica del país, promoviendo un cambio en la visón sobre el valor de los recursos naturales y la biodiversidad de los bosques tropicales, en una época, en la que tanto en Costa Rica como en el resto de Centroamérica, el concepto generalizado de desarrollo giraba alrededor del valor de las áreas silvestres como tierras que debían incorporarse a la producción extensiva ganadera y agropecuaria.

En 1964, no existían en el país los Parques Nacionales y áreas protegidas, por lo que los miembros fundadores del CCT deciden establecer un sistema de reservas biológicas privadas, fueran propiedad del CCT o de particulares colaboradores, cada una representativa de diferentes condiciones ecológicas donde realizar investigación y enseñanza. Así fue como nacieron la Estación Biológica La Selva y la Estación Biológica Palo Verde, hoy día propiedad de la Organización de Estudios Tropicales (OET).

En 1972 se consolida el establecimiento de la Reserva Biológica Bosque Nuboso Monteverde, reserva privada administrada por el CCT y pionera en el país en dar a conocer y promover la cultura del turismo naturalista, por el que hoy día Costa Rica es reconocido en todo el mundo.

También, ha sido base del asesoramiento técnico en investigaciones realizadas por miembros del CCT, que definieron la estrategia de planificación de la gran mayoría de áreas protegidas del país, lo que permitió el establecimiento del Parque Nacional Corcovado, el Parque Nacional Chirripó, el Parque Nacional Braulio Carrillo, la conservación del patrimonio natural y arqueológico de la Isla del Caño, entre otros.